Осложнения при колоноскопии встречаются редко. Возможные осложнения включают кровотечение или перфорацию стенки желудочно-кишечного тракта. Последнее осложнение встречается крайне редко, однако в большинстве случаев требует экстренного хирургического вмешательства. Осложнения в основном связаны с патологическими изменениями в кишечнике (дивертикулез, опухоли), реже – с лечебными процедурами (полипэктомия). Кровотечение после колоноскопии обычно останавливается само по себе. Кровотечение, связанное с удалением полипов, может возникнуть сразу или проявиться позже (до недели после процедуры). Риск кровотечения выше у пациентов с низким уровнем тромбоцитов в крови, а также у тех, кто принимает кроверазжижающие препараты. Очень редко могут возникать осложнения со стороны системы кровообращения и органов дыхания (нарушения сердечного ритма, затрудненное дыхание).

Если после колоноскопии сохраняются сильные боли в животе, рвота, обильное ректальное кровотечение, высокая температура с ознобом, необходимо вызвать скорую помощь или обратиться для обследования в ближайшее отделение экстренной медицины (ЭМО).