Komplikaatioita esiintyy kolonoskopiassa harvoin. Mahdollisia komplikaatioita ovat verenvuoto tai ruoansulatuskanavan seinämän puhkeaminen eli perforaatio. Jälkimmäinen komplikaatio on erittäin harvinainen, mutta vaatii useimmiten kiireellisen leikkauksen. Komplikaatiot liittyvät pääasiassa suolen sairausmuutoksiin (divertikuliitti, kasvain) ja harvemmin hoitomenetelmiin (polypektomia). Kolonoskopian jälkeinen verenvuoto loppuu yleensä itsestään. Polyypin poistoon liittyvä verenvuoto voi ilmetä heti tai myöhemmin (jopa viikon ajan tutkimuksen jälkeen). Verenvuotoriski on suurempi potilailla, joilla on verihiutaleiden (trombosyyttien) vähyys veressä tai jotka käyttävät verenohennuslääkkeitä. Erittäin harvoin voi esiintyä myös verenkierto- ja hengityselimistön komplikaatioita (sydämen rytmihäiriöt, hengitysvaikeudet).

Jos kolonoskopian jälkeen esiintyy jatkuvaa voimakasta vatsakipua, oksentelua, runsasta verenvuotoa peräsuolesta, korkea kuume yhdessä vilunväristysten kanssa, tulee kutsua ambulanssi tai hakeutua itse lähimpään päivystykseen tarkastusta varten.